اسپاتیفای با استفاده از سیستم احراز هویت دومرحله‌ای به‌دنبال افزایش امنیت کاربران خود است. سیستم تأیید هویت دومرحله‌ای (2FA) سال‌ها یکی از اصلی‌ترین سرویس‌های آنلاین بوده که نه‌تنها نیاز به رمز عبور دارد بلکه برای ورود به حساب کاربری از کاربران می‌خواهد کد احراز هویت یک‌بار مصرف را که ازطریق ایمیل یا پیامک دریافت کرده‌اند، وارد کنند.
براساس گزارش برخی از کاربران در ردیت، اگرچه اسپاتیفای خیلی دیرتر از سایر اپلیکیشن‌ها اقدام به استفاده از این سیستم کرده است؛ اما به‌نظر می‌رسد که بالاخره تصمیم گرفته نسخه‌ی اولیه و ابتدایی سیستم احراز هویت دومرحله‌ای را برای تعداد محدودی از حساب‌های عادی خود فعال کند.
به‌نظر می‌رسد راهی برای فعال یا غیرفعال کردن نسخه‌ی اولیه و ابتدایی سیستم احراز هویت دومرحله‌ای وجود نداشته باشد و همچنین نمی‌توان نحوه‌ی عملکرد این سیستم را انتخاب کرد؛ چراکه کد یک‌بار مصرف را تنها ازطریق ایمیل ارسال می‌کند.
به‌نظر می‌رسد این قابلیت فعلاً به‌صورت آزمایشی در برخی حساب‌ها فعال شده باشد؛ زیرا اسپاتیفای هنوز چیزی به‌طور رسمی اعلام نکرده است. احتمالاً اسپاتیفای قبل از استفاده از این قابلیت به‌طور رسمی، آن را بهبود خواهد بخشید.
استفاده از سیستم احراز هویت دومرحله‌ای حتی باوجود برخی محدودیت‌ها بسیار بهتر از عدم استفاده از این سیستم است؛ چراکه پیش‌تر افرادی شناسایی شدند که به صورت غیرقانونی وارد حساب‌های پریمیوم کاربران اسپاتیفای شده بودند.
حساب‌های هنرمندان در اسپاتیفای قبلاً نیز توسط سیستم احراز هویت دومرحله‌ای محافظت می‌شدند که حتی از ارسال SMS هم پشتیبانی می‌کرد.